Cư dân đầu tiên của Darfur là bộ tộc Daju nhưng ngoài một số truyền tích về các lãnh chúa thì không có gì cụ thể lưu lại từ thời thượng cổ. Hồi giáo du nhập Darfur khoảng thế kỷ 14 theo chân bộ tộc Tunjur. Người Tunjur giao lưu với bộ tộc Fur để thành lập triều đại Keira. Vương quốc này một thời là thế lực mạnh nhất vùng Sahel.

Năm 1875 Darfur bị Ai Cập sáp nhập vào Sudan và cai trị từ Khartoum. Khi Muhammad Ahmad dấy binh, tự xưng là "Mahdi", đánh đuổi quân Ai Cập ra khỏi Sudan thì quân của Mahdi cũng kiểm soát Darfur. Nhưng sang triều vua Abdallahi ibn Muhammad, người kế vị Mahdi thì dân Darfur nổi lên chống lại chính quyền Khartoum vì không chịu lệnh bắt lính.

Năm 1899 quân đội liên minh Anh-Ai Cập tiến công tái chiếm Khartoum. Trong trận Omdurman, Abdallahi thua to. Quân liên minh do tướng Horatio Kitchener điều hành cho thành lập xứ Sudan thuộc Anh-Ai Cập và công nhận quyền tự trị của Darfur, phó cho Ali Dinar cai quản. Darfur chỉ phải chịu lệ triều cống hàng năm.

Đến năm 1916 thì quyền tự trị đó chấm dứt vì chính quyền Anh lo ngại một xứ Darfur tự trị sẽ ngả theo Đế quốc Ottoman trong khi Anh và Đế quốc Ottoman đang đánh nhau. Quyền hành tập trung đã củng cố chính quyền trung ương ở Khartoum trong khi phên giậu Darfur bị bỏ quên. Khuynh hướng này tiếp tục sau năm 1956 khi Sudan bước sang thời kỳ độc lập.

Bất ổn chính trị tăng dần với các thế lực quốc nội cũng như quốc ngoại (Libya và Tchad) tham gia vào những tranh chấp ở Darfur. Đáng kể nhất là sự phân biệt chủng tộc rõ rệt giữa Ả Rập và Phi châu khiến xung đột sắc tộc càng leo thang.

Nạn đói giữa thập niên 1980 phá hủy những cơ sở xã hội địa phương còn lại mở đầu cho thời kỳ loạn lạc. Trong suốt 15 năm cuộc Xung đột Darfur lan rộng với lực lượng chống chính phủ và nhóm dân quân thân chính phủ cùng tham chiến làm chiến cuộc thêm tàn khốc. Thường dân Darfur bị mắc nạn giữa hai gọng kềm với hậu quả là 2 triệu rưởi người tỵ nạn sống tạm bợ rất nguy khốn.

Hòa ước Darfur ký năm 2006 tạm thời thành lập cơ quan hành chính mới vào năm 2007 gọi là Chính quyền Địa phương Darfur Chuyển tiếp(tiếng Anh: Transitional Darfur Regional Authority) với các thành phần tham chiến cùng tham dự để tái lập trật tự, hồi cư dân tỵ nạn và xây dưng hòa bình, hòa giải..[1] Theo hòa ước đó thì cuộc trưng cầu dân ý về chính thể tự trị của Darfur sẽ tổ chức trước năm 2011.